马克思主义学院成立于2022年8月，除承担全校思想政治理论课教学外，开设了思想政治教育本科专业，现有三届学生191人。学院现有教职工30人，其中专任教师26人，教授3人、副教授4人，博士8人、在读博士3人；1人被评为省级教学名师、全国高校思想政治理论课教师影响力提名人物，1人被评为省级师德先进个人，3人获得青年教师教学竞赛、思政微课竞赛等省级荣誉。
学院办学条件优越，拥有独立办公楼宇，配有图书资料室、会议室、研讨室、教授工作室、心理咨询室、教研室等，办公面积约1000平方米。下设思想政治教育系、思政课教研部等基层教学组织，建有浙江省哲学社会科学重点研究基地文化发展与文化浙江研究中心嘉兴南湖学院分中心、全国高校思政课名师工作室嘉兴南湖学院工作站等基地，与浙江大学、武汉大学、浙江省委党校等知名高校和科研机构开展合作，与嘉兴市文博、教育等单位共建实践教学基地，推进“大思政课”建设。
近年学院在教学改革、科学研究、人才培养等方面取得可喜成绩。思政课成为校级重点建设课程，拥有省级一流课程2门；承担省“十四五”教学改革项目1项、市“五个一批”项目1项、高等教育学会项目2项；承担省部级科研课题4项、市厅级项目16项，获市厅级领导批示3个，在核心期刊发表论文8篇，出版专著1部；指导学生在A类学科竞赛中获得省级以上奖励9项，获得全国优秀社团荣誉1项。